自從南鯤鯓海汕被破壞沈埋後，五王就開始重新尋找吉地，準備遷建，以便執行「代天巡狩」的職責。有一天，三王吳府千歲親自起駕，直奔槺榔山，並卜得「虎穴」吉地，打算當作第二次建廟的地點。
槺榔山的地權原本是屬於鹽水港茄苳腳吳公烈先生所有，山中有一塊直徑二尺的圓形地，四季不沾露水，大雨不濕其地，就是「虎穴 」。吳公烈多次請地理師尋找，但都沒有成功，後來得知三王爺起駕勘得「虎穴」，驚嘆之餘，便將該地恭獻出來做為建廟的用地。
槺榔山向來為「囝仔公」所佔領，囝仔公生前是一個牧童，死後葬在這裡，因得到靈氣而成神。囝仔公知道五王要在這裡建廟，馬上提出抗議，說：「這塊地是我生前所有，埋有銅針為證」。五王反駁說：「我們早在渡海來台時，就已經看中此地，並埋有銅錢為記 」。雙方會同土地公相驗，結果：「銅針」插在「錢」孔之中，無法公斷。
雙方由爭吵轉為武鬥，囝仔公召集陰兵陰將和五王展開一場「神鬼大戰」。後來，赤山嚴佛祖知道這件事，就請天上聖母和保生大帝出面協調，雙方訂下契約：
一、五王代囝仔公建小廟。
二、大廟來進香，小廟必有敬。
三、有福同享，光大南鯤鯓香火。
現在三王吳府千歲的神像額頭有一道傷痕，就是當年那場大戰所留下來的英勇標幟，廟方曾經多次請工匠來修補，都無法成功。
戰火停息，建廟工程於嘉慶二十二（西元1817年）丁丑二月晦日正式動工。但是工程浩大，建材物資相當缺乏，幸好有麻豆民婦郭鳳，受五王托夢，乘坐烏轎前來，捐獻白銀一千兩，使得工程能夠順利進行。
道光二（1822）年六月六日完工，取名為「南鯤鯓代天府」，整個建廟工程先後歷時五年又四個多月。後來又在同治十一年（西元1872年），增建後殿「青山寺」，崇祀觀音佛祖，以紀念當年調停的功勞。
日據時期，廟後的急水溪常常氾濫成災，嚴重影響到廟地的安危，並使得廟和北槺榔山幾乎隔離斷絕，往來只能依靠排筏。沒多久 ，「囝仔公」首當其衝被洪水沖垮，後來只好遷徙到代天府東北處暫住。
民國六年，廟宇距離支流僅十來步，南鯤鯓廟岌岌可危。這時，五王起駕，畫了七張「犁頭符」，然後命人購買犁頭七個、大鑼二面，前往祭溪。作法完後，廟南尖地逐漸浮復。隔年，廟方奉五王指示，發動善信二萬餘人築堤護廟，不出數月，堤防築成，稱之為「五王堤」。
五王堤完成後，南鯤鯓已沒有後顧之憂，「囝仔公」於是遷回原地重建小廟，廟稱「萬善堂」，神稱「萬善爺」，並雕造金身和鎮殿金身各一尊。
民國九年（西元1920年），北門庄王謀等人，看見廟宇年久失修，於是提議擴建，經過三年的募款，一共募得三十萬元的經費，於民國十二年（西元1923年）二月一日興工，並遵照神明的指示：不動爐位，增高增寬。
民國十七年（西元1928年）四月二十六日舉行入廟大典，但是整體擴建的工程一直到民國二十六年（西元1937年）二月才全部完工，前後一共十五年。除了正殿的修繕之外，還增建了中軍府、城隍爺、天公壇、娘媽殿，也就是今天所看到的廟貌。
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